Il Museo, per facilitare la visita, è articolato in più sezioni:

La Sezione Storica comprende alcuni frammenti di selce rinvenuti occasionalmente nell' agro sannicandrese; una lastra di pietra incisa con iscrizione latina risalente al I secolo a.C. proveniente dall'antica villa romana di S. Annea (Sala 1).

La Sezione Seconda o della Civiltà Contadina è articolata in 10 sale:

  • stalla - cantina tipica del XIX secolo (Sala 2);
  • utensili del contadino (Sala 3);
  • granaio e attrezzi per la trebbiatura (Sala 4);
  • mezzi di trasporto tipici per merci e passeggeri (Sala 5);
  • recipienti per la raccolta e la conservazione dell'acqua nelle abitazioni (Sala 7);
  • bottega con attrezzi tipi del falegname (Sala 8);
  • botteghe dell'arrotino e del calzolaio con i ferri del mestiere e alcuni manufatti d'epoca (Sala 9);
  • botteghe del fabbro e dello stagnino (Sala 10);
  • interno di una abitazione tipo del contadino completa di arredo e suppellettili (Sala 11);
  • caseificio artigianale di una masseria (Sala 12); nella medesima sala sono esposti i costumi tradizionali completi di ogni dettaglio, del Pastore e della Pacchiana, che sono fra i più belli della Puglia, premiati più volte in concorsi nazionali a partire dal 1930.

La Sezione Terza (Religiosità Popolare) raccoglie arredi e "divise" tipiche delle confraternite religiose del XVI - XIX secolo (Sala 13).

San Nicandro Garganico ha la peculiarità, tra i comuni della Capitanata, di aver dato vita a partire dagli Anni Venti ad una comunità di convertiti all'ebraismo, molti dei quali emigrati e accolti in Israele. La Sezione Quarta (Testimonianze dell'Ebraismo) raccoglie una copia del diario del fondatore della comunità Donato Manduzio, oltre ad arredi utilizzati nelle cerimonie ebraiche (Sala 13).

La Sezione Quinta comprende una ricca raccolta di fotografie d'epoca, musicassette con la registrazione di canti popolari sannicandresi, videocassette con le immagini di festività religiose, del Carnevale sannicandrese, di vita nei campi, ecc. (Archivio).

Una guida riccamente illustrata e contenente un'accurata descrizione delle sale e dei reperti in esse contenuti, disponibile presso il Museo, aiuta il visitatore a comprendere pienamente il complesso mondo dell'antica Civiltà Contadina e, una volta tornato a casa, a conservarne una efficace e suggestiva testimonianza. I visitatori sono anche accompagnati, durante la visita da guide volontarie che prestano il loro servizio gratuitamente.